Молодежный футбольный клуб "Питер", город Санкт-Петербург, основан в 2011 году при содействии и поддержке Национального Государственного Университета физической культуры, спорта и здоровья им. П.Ф.Лесгафта и лично ректора Университета Владимира Александровича Таймазова.

Президент клуба - Алексей Павлович Михайлов, главный тренер - Виктор Петрович Антихович, Заслуженный тренер России. Помощник главного тренера - Геннадий Тумилович.

Основу команды составляют выпускники городских и областных футбольных школ, которые имеют хороший потенциал роста и остаются молодой надеждой городского футбола.   

Свой первый сезон 2011/12 года ФК "Питер" провел в III дивизионе Чемпионата России по футболу, а также в высшей группе чемпионата Санкт-Петербурга по футболу среди мужских команд.

В июне 2012 года клуб прошел аттестацию в Российском Футбольном Союзе и получил профессиональный статус. В сезоне 2012/13 года ФК "Питер" дебютирует во II дивизионе Чемпионата России по футболу и в Кубке России по футболу со стадии 1/256 финала.